Por determinação da Constituição Universitária de 1911, a Assembleia da Universidade era um dos órgãos de gestão das universidades do Porto, Lisboa e Coimbra, ao lado do Reitor e do Senado.

O Estatuto Universitário promulgado em Julho de 1918 cometeu a gestão das universidades ao Senado, à Assembleia Geral da Universidade e ao Reitor, embora também à Junta Administrativa e ao Conselho Académico entretanto criados. Anos mais tarde, com o Estado Novo, a responsabilidade pelo governo das universidades passou a ser uma atribuição da Assembleia Geral da Universidade, do Senado e do Reitor. Em 1930, o novo Estatuto da Instrução Universitária definiu a composição da Assembleia Geral da Universidade, que passou a ser constituída pelo Reitor, Vice-reitor, professores catedráticos das faculdades e três representantes de cada estabelecimento de ensino.

A "lei da autonomia universitária", de 1988, determinou que os órgãos de gestão universitária eram constituídos pela Assembleia da Universidade, pelo Reitor, pelo Senado Universitário e pelo Conselho Administrativo. Foi a partir desse ano que a Assembleia da Universidade passou a ser a entidade responsável pela aprovação dos estatutos da Universidade e pela eleição do respetivo Reitor.

Em 1989, os primeiros Estatutos da Universidade do Porto entregaram a gestão e administração da U.Porto à Assembleia da Universidade, ao Reitor, ao Senado Universitário, ao Conselho Administrativo e ao Conselho Consultivo, decalcando o preconizado um ano antes pela Lei 108/88, de 24 de Setembro.

A Assembleia da Universidade do Porto cessou funções e atividades com a promulgação dos mais recentes Estatutos da Universidade do Porto, em vigor desde 15 de Maio de 2009.

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