Foi o primeiro dos 10 filhos de Bernardo Marques da Silva e Maria Rosa Marques, nasceu, segundo se julga, no prédio nº 113 da Rua de Costa Cabral na freguesia de Paranhos, Porto, a 18 de Outubro de 1869.
Neto de lavrador e filho de operário marmorista, primeiro, e industrial de obras de mármore, mais tarde.
Frequentou a Escola da Ordem da Trindade e trabalhou nas horas de folga na oficina de seu pai, instalado junto aquela escola.
Feitos os exames do 1º e 2º grau ingressou no liceu onde fez com êxito o 2º ano do respectivo curso geral, passando, depois, a frequentar a antiga Academia Portuense de Belas Artes, tirou o curso de Arquitectura Civil; o 3º ano de escultura e o curso de desenho histórico.
Terminados os seus estudos, no Porto, fez, em Lisboa, as provas para o concurso para pensionista do estado, em Paris. Competiu com Adães Bermudes e foi preterido. Seu pai não se conformando com a situação enviou-o para Paris, com expensas próprias e Marques da Silva ali prosseguiu os seus estudos. Chegou a Paris no ano em que completava 20 anos tendo presenciado a grandiosa Exposição internacional de 1889.
Em 6 de Agosto de 1890 fez o concurso e foi admitido como aluno da Ecole Nationale et Speciale des Beaux Arts e ingressa no atelier de Victor Laloux. Nesta escola obteve o 1º lugar em 3 concursos escolares, obteve uma 1ª medalha, duas 2ª medalhas e várias primeiras menções.
Obteve o título de arquitecto diplomado pelo governo francês em 10 de Dezembro de 1869.
De regresso ao Porto, José Marques da Silva foi nomeado professor de Desenho do Instituto Industrial e Comercial do Porto, em 1900.
Em 1904 foi nomeado Arquitecto da Câmara Municipal do Porto.
Em 1906 foi nomeado professor interino da Cadeira de Arquitectura Civil, na antiga Academia Portuense de Belas Artes onde exerceu docência até 1939.
Em 1914 foi transferido do Instituto Industrial e Comercial do Porto para a Escola de Arte Aplicada onde passou a Professor e Director até 1930, data em que aquela escola foi incorporada na antiga Escola Industrial de Faria de Guimarães, actual escola de Artes Decorativas de Soares dos Reis.
Foi Director da Escola de Belas Artes do Porto, pela 1ª vez por alturas de 1914.
Em 1930 foi nomeado professor da cadeira de Desenho de Construção na Escola Industrial de Faria Guimarães (Arte Aplicada) cuja regência se conservou até à data da sua aposentação.
Nomeado Director efectivo da Escola de Belas Artes do Porto em 1931 mantendo-se até 1939.
Marques da Silva como arquitecto construiu obras no Porto; Matosinhos; Vila nova de Gaia; Guimarães; Barcelos e Braga.
Faleceu em 6 de Junho de 1947.

Retirado da biografia de José Marques da Silva escrita pela filha Maria José Marques da Silva, em 1953 (FIMS/MSMS/1119).